Az EISZ Programtanács a tagintézmények érdekképviseleti és az MTA elnökének döntés előkészítő testülete. Feladata a stratégia kialakítása és előterjesztése, a rendszerfejlesztés fő irányának a kijelölése, a működés értékelése, állásfoglalás a jelentősebb beruházások és kiadások tekintetében, valamint a tagintézményi elvárások integrálása. A Programtanács tagjai feladatukat az Akadémia elnökének felkérése alapján társadalmi munkában látják el.